ב-Shopify ניתן לפתוח החזרה (return) ישירות מעמוד ההזמנה: בוחרים אילו פריטים חוזרים, מה הסיבה, והאם להחזיר מלאי למחסן. החזר כספי (refund) יכול להיות צמוד להחזרה פיזית של המוצר, אך גם עצמאי — למשל פיצוי על עיכוב משלוח. אם שיטת התשלום המקורית תומכת בכך, הסכום חוזר ישירות לכרטיס האשראי; אחרת ניתן להחזיר כ-store credit.
בחנות ישראלית חשוב לוודא שמדיניות ההחזרות כתובה בעברית ומחויבת בדף ה-Checkout — לפי חוק הגנת הצרכן הישראלי, ביטול עסקה מרחוק מותר בתוך 14 ימים ברוב המקרים. בנוסף, כשמבצעים החזר כספי דרך ספק סליקה מקומי (כמו פאי או קארדקום), כדאי לבדוק שההחזר מעודכן גם בחשבונית הממוחשבת ולא רק ב-Shopify.