כל חנות שופיפיי מתחילה עם משתמש בעלים (Owner) אחד שיש לו גישה מלאה ובלתי מוגבלת. מעבר לזה, בעל החנות יכול להוסיף צוות — עם הרשאות מדויקות: מי רואה הזמנות, מי יכול לערוך מוצרים, מי ניגש לדוחות פיננסיים. מספר המשתמשים הנוספים שאפשר להוסיף תלוי בתוכנית התמחור: Basic מאפשרת מספר מוגבל, בעוד Shopify Plus מתירה משתמשים ללא הגבלה כמעט.
בחנויות ישראליות עם צוות מכירות, מחסן ושירות לקוחות — כדאי להגדיר הרשאות לפי תפקיד ולא לתת גישת מנהל מלאה לכולם. חשוב לדעת שמשתמשי Collaborator (פרילנסרים וסוכנויות שמקבלים גישה דרך בקשה) לא נספרים במכסת המשתמשים הרגילה, כך שאפשר להוסיף ספק שירות חיצוני בלי לשדרג תוכנית.