ב-Shopify POS קיימות שתי שכבות הרשאה: הרשאות ברמת הארגון (שחלות על כל חנויות הרשת) והרשאות ברמת חנות, שמאפשרות לכוון בדיוק מה מותר לעובד לעשות בסניף ספציפי. בשכבה הזו קובעים, למשל, מי יכול להחזיר כסף, לבטל הזמנה, לתת הנחה ידנית, או לפתוח את מגירת הכסף ללא מכירה. ניהול ההרשאות מתבצע מתוך Shopify Admin תחת Point of Sale → Staff.
נקודת תשומת לב חשובה לחנויות POS בישראל: אפליקציות POS צד שלישי (למשל קופות חיצוניות, מערכות נאמנות, חשבוניות) מגדירות גם הן פעולות משלהן שדורשות Store-level permissions נפרדות. אם לעובד אין את ההרשאה לאפליקציה המסוימת, הממשק יכול להיראות תקין לגמרי — אבל הפעולה הקריטית (הפקת חשבונית, צבירת נקודות) לא תהיה זמינה לו בזמן אמת מול הקופה.