ב-Shopify חיובים יכולים להגיע ממספר מקורות במקביל: דמי מנוי חודשיים על התוכנית, עמלות עסקאות (transaction fees) על תשלומים שלא עברו דרך Shopify Payments, חיובי אפליקציות מה-App Store, ותשלומים על תוספות כמו Shopify Email או Shopify Markets. כאשר חיוב מופיע כ"לא מוכר", לרוב הסיבה היא אחת מאלה: אפליקציה שהותקנה לתקופת ניסיון ולא בוטלה, שינוי תוכנית שהפעיל חיוב יחסי (proration), או חיוב שנקוב בדולר ותואם סכום שקלי שונה בגלל שער המרה.
בחנות ישראלית הבעיה מחריפה כי כל החיובים של Shopify (שופיפיי) נקובים בדולר אמריקאי — הסוחר רואה בחשבון הבנק שלו סכום בשקלים שנקבע לפי שער הבנק ביום החיוב, ולא לפי שער קבוע. הדרך לאתר חיוב לא מוכר היא להיכנס ל-Shopify Admin → Settings → Billing ולהצליב את תאריכי החיוב ותיאוריהם עם הרשימה בחשבון הבנק.