סוגי Fees: Shopify subscription fee ($29-2000/חודש), Transaction fees (2.4-2.9% + 30¢ לסליקה), App subscription fees ($10-200/חודש), Shipping fees ($5-50/חבילה), Domain renewal ($14-20/שנה). בחנות פעילה, Fees מצטברים ל-10-25% מהמחזור.

בחנות ישראלית, סקירת Fees חודשית חיונית: עוברים על כל החיובים ב-Settings → Billing, מוודאים שכל חיוב מוצדק (לדוגמה אפליקציה $50/חודש שלא בשימוש = להסיר). הקפדה גם — חיובי ספק סליקה: אם פאי גובה 3% והיו לכם הזמנות של ₪10,000 = ₪300 עמלה.