ב-Shopify ניהול הצוות מתחלק לשני שכבות: הרשאות אדמין (כניסה לממשק האחורי דרך דפדפן) והרשאות POS (כניסה לקופה הפיזית דרך PIN אישי). בשכבת האדמין אפשר להגביל כל עובד בנפרד — למשל, נציג שירות לקוחות יראה הזמנות ולקוחות אבל לא יוכל לשנות מחירים או להגדיר שיטות תשלום. מספר חברי הצוות שמותר להוסיף תלוי בתוכנית Shopify שנבחרה.
בחנות עם נקודת מכירה פיזית בישראל, ניהול צוות ה-POS קריטי במיוחד: כל מוכר נכנס עם PIN אישי, הפעולות שמותרות לו (הנחה ידנית, החזרה ללא קבלה, פתיחת קופה) מוגדרות מראש, וכל פעולה רגישה מתועדת עם שם העובד. כך אפשר לזהות חריגות בדוחות המכירות ולמנוע אי-סדרים בקופה.